В конце 1920 – начале 1921 гг. вооруженные восстания, известные как малая Гражданская война , охватили Западную Сибирь, Тамбовскую, Воронежскую губернии, Среднее Поволжье, Дон, Кубань, Украину, Среднюю Азию.

Все более напряженной становилась ситуация в городах. Не хватало продовольствия, многие заводы и фабрики закрывались из-за нехватки топлива и сырья, рабочие оказывались без зарплаты. Особенно тяжелое положение в начале 1921 г. сложилось в крупных промышленных центрах, прежде всего в Москве и Петрограде. Декрет от 22 января 1921 г. о сокращении рабочего пайка на треть вызвал забастовки рабочих. В некоторых городах начались уличные выступления. При том, в городах протесты большей частью носили левый социалистический характер под лозунгами: «За Советы без большевиков!».

24 февраля в Петрограде забастовали заводы: Трубочный, Лаферм, Патронный и Балтийский. Часть петроградского гарнизона отказалась выступить против рабочих. Произошли столкновения рабочих с курсантами, посланными для подавления забастовок. 25 февраля напуганные большевики создали «Комитет обороны Петрограда» под руководством Зиновьева (Радомысльского). Были подтянуты надежные части из провинции, снятые с фронтов, и рабочее движение удалось подавить.

Эти события, однако, повлияли на настроения моряков красного Балтфлота. Даже на главной базе флота, в городе-крепости Кронштадте, где размещались корабельные команды, береговые части и вспомогательные подразделения моряков общей численностью свыше 26 тысяч человек, расправа с рабочими-социалистами вызвала возмущение. Стало очевидно, что фактически под лозунгом утверждения диктатуры пролетариата установилась диктатуры компартии… Лозунг восстания был: «Власть Советам, а не партиям!».

В Кронштадте моряки стали агитировать за перевыборы советов и создавать независимые от большевиков комитеты. Для прояснения обстановки в Петрограде направили туда своих представителей. Вернувшись в Кронштадт, 27 февраля ходоки доложили общим собраниям своих команд о причинах волнений рабочих, а также моряков линкоров «Гангут» и «Полтава», стоявших на Неве. На другой день моряки линейных кораблей «Петропавловск» и «Севастополь» приняли резолюцию, которую вынесли на обсуждение представителей всех кораблей и военных частей Балтийского флота. Главными требованиями резолюции были:

«Ввиду того, что настоящие советы не выражают волю рабочих и крестьян, немедленно сделать перевыборы советов тайным голосованием… Свободу слова и печати… Освободить всех политических заключенных социалистических партий, а также всех рабочих и крестьян, красноармейцев и матросов, заключенных в связи с рабочими и крестьянскими движениями… Упразднить всякие политотделы, так как ни одна партия не может пользоваться привилегиями для пропаганды своих идей и получать от государства средства для этих целей… Упразднить коммунистические боевые отряды во всех воинских частях, а также на фабриках и заводах разные дежурства со стороны коммунистов… Дать полное право действия крестьянам над всею землею так, как им желательно… Разрешить свободное кустарное производство собственным трудом… Просим все воинские части, а также товарищей военных курсантов присоединиться к нашей резолюции…».

Таким образом, резолюция не содержала призывов к свержению правительства как такового, но была направлена против диктатуры компартии – что для большевиков было одно и то же.
1 марта на Якорной площади Кронштадта, при участии прибывших туда председателя ВЦИКа Калинина и комиссара Балтфлота Кузьмина (которые пытались отговорить матросов от политических требований), состоялся митинг, собравший около 16 тысяч человек. Его участники подавляющим большинством голосов поддержали резолюцию моряков. Лозунги матросов, солдат и рабочих крепости почти дословно повторяли политические требования петроградских рабочих. В Петроград было послано 30 парламентеров для переговоров с властью, но они были там арестованы. Сразу после митинга состоялось заседание большевицкого партийного комитета коммунистов крепости, на котором обсуждался вопрос о возможности вооруженного подавления протестующих.

2 марта в Доме просвещения Кронштадта (бывшее Инженерное училище) собралось собрание представителей кораблей. Главным на заседании был вопрос о перевыборах Кронштадтского Совета, срок полномочий которого истекал. Новый избранный состав оказался смешанным, но коммунисты оказались в меньшинстве. Большинством голосов собрание выразило недоверие коммунистам, призывая их добровольно отказаться от власти. Присутствовавшие на собрании председатель исполкома Васильев и комиссар Кузьмин заявили, что коммунисты от власти в Кронштадте добровольно не откажутся, и пригрозили репрессиями. В этот момент прошел слух, что вооруженные коммунисты направляются к месту собрания. В связи с этим собравшимися было решено преобразовать новоизбранный президиум Совета из пяти человек во Временный революционный комитет (ВРК) для поддержания порядка в городе, во главе которого встал избранный председатель собрания – писарь с линкора «Петропаловск» С.М. Петриченко.
Власть в Кронштадте без единого выстрела перешла в руки Ревкома, которому большевистские ячейки военных и гражданских организаций Кронштадта не смогли противостоять и бежали. Начался массовый выход рядовых коммунистов из компартии. Считая, что в Кронштадте заложен первый камень в основание «третьей, подлинно народной революции», члены Ревкома были уверены в поддержке трудящимися Петрограда и всей страны. 3 марта Ревком, выдавая желаемое за действительное, оповестил кронштадтцев о том, что в Петрограде происходит «всеобщее восстание».

Крах террористической политики «военного коммунизма» был очевиден, Кронштадтское восстание стало последней гирькой на чашу весов новой экономической политики: передышки в войне компартии с русским народом. Объявленный на Х съезде Лениным нэп провозгласил замену продразверстки продналогом и разрешение свободной торговли. Этого же требовали и кронштадтцы. Однако показательная расправа над Кронштадтом должна была продемонстрировать, что партия переходит к нэпу не из слабости под давлением народных восстаний, как могли это истолковать в народе (что так и было), а «в связи с окончанием гражданской войны» – с позиции силы и по своей продуманной программе. Поэтому карательный штурм Кронштадта предполагалось предпринять как раз в день открытия Х съезда, когда Ленин должен был объявить о нэпе.

Однако надежда на быстрый разгром восстания в день открытия Х съезда не оправдалась. Понеся большие потери, войска Тухачевского отступили. Одна из причин этой неудачи крылась в настроениях красноармейцев: дело дошло до прямого неповиновения и выступлений в поддержку Кронштадта. Волнения в воинских частях усиливались, красноармейцы (например, в 236-м Оршанском полку) отказались идти на штурм крепости «против своих». Власти боялись, что восстание перекинется на весь Балтийский флот. Ненадежные красные части были разоружены и отправлены в тыл, зачинщики неповиновения публично расстреляны. Как всегда для подавления восстаний были доставлены карательные интернациональные войска. Было принято также решение направить часть делегатов и гостей съезда (около 300 во главе с Ворошиловым) под Кронштадт непосредственно в войска в качестве дополнительных комиссаров.

Артиллерийский обстрел Кронштадта продолжался с 8 по 16 марта. В безуспешные атаки бросали курсантов, башкирские, китайские и другие интернациональные части. В ночь на 16 марта после мощного артиллерийского обстрела крепости начался ее последний штурм одновременно с юга, севера и востока. Когда стало ясно, что дальнейшее сопротивление безполезно, защитники ее решили уйти по льду из Кронштадта в Финляндию. Перейти границу успели около 8 тысяч человек и почти все члены кронштадтского ВРК и штаба обороны.

К утру 18 марта крепость оказалась в руках большевиков. Согласно советским данным, красные части во время штурма потеряли 527 убитыми и 3285 ранеными. Начались массовые безсудные расправы над оставшимися моряками и населением Кронштадта. Само пребывание в крепости во время восстания считалось преступлением. Затем было организовано несколько десятков открытых судебных процессов в показательных целях, в том числе над моряками линкоров «Севастополь» и «Петропавловск».

К лету 1921 г. только президиумом Петроградской губчека, коллегией Особого отдела охраны финляндской границы Республики, чрезвычайной тройкой кронштадтского Особого отдела охраны финляндской границы и реввоентрибуналом Петроградского военного округа к растрелу были приговорены 2103 человека и к различным срокам наказания 6459 человек. Кроме того, с весны 1922 г. началось массовое выселение жителей Кронштадта как неблагонадежных.

В эмиграции Петриченко вместе с эсеровской газетой «Воля России» издал книгу «Правда о Кронштадте», написанную с социалистических позиций – каким и был этот мятеж в действительности. Поэтому в русской эмиграции он вызвал смешанные чувства. Лево-либеральные круги пытались оказать помощь восставшим, собирая деньги и продовольствие в надежде доставить его через Финляндию. Монархисты отнеслись к восстанию в Кронштадте как разборке в среде революционеров.